Une partie des eaux du courant algérien s'écoule en Méditerranée orientale, entre les côtes tunisiennes et la Sicile, où elles rejoignent le bassin Ionien puis le bassin Levantin.
Le long des côtes sud de la Sicile, les vents de nord-ouest induisent fréquemment des résurgences d'eau froide, comme on peut l'observer sur l'image du 14 juillet 2005 (et images du 26/08 et du 27/06/2005).

Millot and Taupier-Letage (2005) décrivent trois situations qui peuvent être observées lorsque les eaux du courant algérien franchissent le détroit entre la Tunisie et la Sicile. La première est un écoulement des eaux en direction du nord est, remontant vers la botte italienne, pour ensuite rejoindre les eaux de la mer Ionienne. Cet écoulement présenterait toutefois selon les auteurs, une variabilité interannuelle. Les eaux peuvent également s'écouler en direction de la partie centrale de la mer Ionienne en formant des tourbillons à mésoéchelle. La veine d'eaux chaude que l'on observe sur l'image du 25 juin 2005 illustre très probablement ces deux types de situation.

Enfin, les eaux pénétrant dans le bassin oriental peuvent également s'écouler en un flot plus régulier, former une veine qui suit le plateau continental et les côtes tunisiennes, puis de la Libye, comme illustré sur les images du 16 et du 19 juillet 2005.
La faible profondeur des eaux dans le golfe de Gabès et autour des îles Kerkennah et de Djerba, entraîne un réchauffement intense. Les eaux continuent leur chemin le long des côtes de la Libye jusque dans le golfe de Syrte, formant de temps en temps de petits tourbillons anticycloniques qui se détachent de la côte pour rejoindre la mer Ionienne.

Sur l'image du 26 août 2005, nous pouvons observer une structure linéaire assez surprenante. Les eaux de surface semblent en effet s'écouler en ligne droite, depuis le sud est de la Sardaigne jusque dans le golfe de Syrte.
En observant plus en détail cette structure, nous pouvons distinguer une succession de cellules d'eau plus chaude, qui laisse supposer que cette artère est en fait constituée de toute une série de tourbillons anticycloniques de quelques dizaines de km.

Depuis le sud de la mer Ionienne, les eaux s'écoulent vers l'est, le long des côtes de la Libye et de l'Egypte, formant le courant libyo-égyptien. Ce courant est souvent comparé au courant algérien, en raison de sa dynamique également très intense, donnant naissance à de nombreuses structures tourbillonnaires de moyenne échelle (image du 31 août 2005).

Parmi ces tourbillons anticycloniques, celui de Ierapetra au sud est de la Crète est relativement bien connu, puisqu'il se manifeste plus ou moins régulièrement chaque été. Sa formation est le résultat d'une interaction entre le Meltem, vent soutenu qui souffle du nord entre les mois de mai et octobre et le relief montagneux de la Crète. On le voit très bien sur les images du 24 juin (ci-dessous) et du 31 août 2005 (ci-dessus).

Les vents forts estivaux entraînent des phénomènes d'upwelling au large de la Turquie et refroidissent en grande partie les eaux de la mer Egée. Ils poussent les eaux chaudes de la surface dans la partie occidentale et dans le sud de la mer, où elles s'accumulent le long des côtes grecques et crétoises (images du 16 et du 19/07/2005). La Crète, île montagneuse perpendiculaire aux vents constitue en effet une véritable barrière. De part et d'autre de l'île, les vents accélèrent par effet de bord provoquant un brassage très intense des eaux. Sous le vent, le relief montagneux de l'île crée des zones plus calmes dans lesquelles l'eau est plus chaude, comme on peut le constater sur les images du 19 juillet et du 9 septembre 2005.

Tout à fait à l'est du bassin oriental, l'activité est moins intense et les eaux de surface sont en général relativement chaudes, en particulier le long des côtes sud de la Turquie.
Le courant d'Asie Mineure qui s'écoule vers l'ouest entre Chypre et Rhodes, développe de larges méandres et des structures tourbillonnaires, comme nous pouvons l'observer sur les images du 16 et du 19 juillet 2005.

Au nord de Rhodes, le courant se sépare en deux branches (Millot and Taupier-Letage, 2005).
Une branche remonte vers le nord de la mer Egée en longeant les côtes turques, alors que la seconde branche traverse en direction du nord-ouest pour rejoindre les côtes du Péloponnèse, puis le nord de la mer Ionienne et l'Adriatique.
La circulation océanique de surface en mer Adriatique a un mouvement cyclonique. On constate un contraste entre les eaux situées à l'est (côtes des Balkans) souvent refroidies par les upwellings induits par les vents qui soufflent du nord et les eaux italiennes influencées par les eaux douces et notamment celles du Pô, dans le golfe de Venise (image du 25 juin 2005).